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Bacterial WGS 工具書 4
http://www.antec-bio.com.tw/custom_84665.html Bacterial WGS 工具書 Bacterial WGS 工具書 Application Bacterial Whole-Genome SequencingKAPA HyperPlus kit卓越的精簡化單管流程,包含 fragmentation 與 library preparation 所需試劑。可根據實驗需求調整 fragmentation 時間,以獲得最適當的片段大小,優化的試劑可降低 bias 並有更均勻的覆蓋度。■ 2.5 h 完成 DNA 片段化和 library 製備■ 擴增偏差低,測序覆蓋度更一致■ 適用於 PCR-free workflowKAPA HyperPlus 為 US CDC WGS 實驗使用試劑全基因組定序 (Whole genome sequencing; WGS),是已被美國 FDA & CDC 使用於查找當前或可能爆發流行的汙染源,以促進民眾健康的一種劃時代技術。基因組序列分別存在 PulseNet &GenomeTrakr 的基因組參考數據庫中。PulseNet : CDC 管理的實驗室網路,著重于患者的細菌。GenomeTrakr : 由FDA 管理的食源性細菌資料庫;專注於食品和環境中的細菌。KAPA HyperPlus 可獲得一致性的高覆蓋率2017 年刊登於國際法醫遺傳學學會的官方期刊: 國際法醫遺傳學上的一篇名為 A performanceevaluation of Nextera XT and KAPA HyperPlus for rapid Illumina library preparation of long-rangemitogenome amplicons 的文獻,比較了 Nextera XT DNA 文庫製備試劑盒(Illumina)和 KAPAHyperPlus 文庫製備試劑盒(Kapa Biosystems,現為 Roche)於粒線體基因組的定序效果。Nextera XT 文庫在所有樣品中產生一致的低覆蓋率 (low-coverage) ,而 HyperPlus 文庫在粒線體基因組中產生了一致的高覆蓋率 (high coverage),即使在減少反應體積的條件下也是如此。從KAPA HyperPlus 文庫中觀察到的平衡覆蓋率,不僅可以使粒線體基因組的低表現率變異被找出,而且還可以提高樣品 multiplex 數目,提高實驗效率。KAPA HyperPlus 可解決 GC content 差異大之細菌菌株無法定序的問題不同細菌的基因組差異很大,可能為 GC- 或 AT-rich,挑戰文庫製備試劑的能力。有鑑於細菌基因組的這種特性,UC Davis School of Veterinary Medicine & 100K ( 十萬) Pathogen GenomeProject,使用 KAPA 的 HyperPlus 作為文庫製備試劑,有效的解決了細菌基因組不好讀取的問題。KAPA Library Quantification KitsReal-time PCR 定量方式能夠準確定量 NGS library,使 cluster 的大小與密度達到最佳並發揮儀器最大效能。■ 可靠、靈敏地定量所有可被測序的 library■ 能準確、重複地定量不同濃度、不同片段長度分佈與不同GC 含量的 library■ 對於多重測序,確保 library 準確、等摩爾數的混合■ 可支援自動化平臺KAPA Adapter KitsKAPA Dual-Index Adapter Kit■ 經 functionally tested 確保優異的文庫構建效率及較少的 adapter-dimer 形成■ barcode cross-contamination 通過 Sequencing-based QC 檢測■ 可應用於 KAPA HyperPrep、KAPA HyperPlus 、 KAPA RNA HyperPrep 和HyperCap workflowKAPA Unique Dual-Indexed Adapter Kit■ Non-redundant dual sequencing barcode 組合(unique dual indexing) 可降低 index 錯誤配置■ 經 functionally tested 確保優異的文庫構建效率及較少的 adapter-dimer 形成■ 可應用於 KAPA HyperPrep、KAPA HyperPlus、KAPA RNA HyperPrep 和HyperCap workflowKAPA HyperPure BeadsKAPA HyperPure Beads 為 KAPA NGS DNA workflows 提供優異的核酸回收率,以及靈活可調整且一致的片段篩選大小。■ 進化版磁珠,提高清洗效率,進而提升文庫多樣性降低定序成本■ 快速、有效的去除實驗反應不需要的成分 ( 例如:adapters、 adapter-dimers、primers、primer-dimers、 nucleotides、salts 和 enzymes)■ 可調節片段篩選大小

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Application Bacterial Whole-Genome Sequencing

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KAPA HyperPlus kit

卓越的精簡化單管流程,包含 fragmentation 與 library preparation 所需試劑。可根據實驗需求調
整 fragmentation 時間,以獲得最適當的片段大小,優化的試劑可降低 bias 並有更均勻的覆蓋度。

■ 2.5 h 完成 DNA 片段化和 library 製備
■ 擴增偏差低,測序覆蓋度更一致
■ 適用於 PCR-free workflow

KAPA HyperPlus 為 US CDC WGS 實驗使用試劑
全基因組定序 (Whole genome sequencing; WGS),是已被美國 FDA & CDC 使用於查找當前或可能爆發流行的汙染源,以促進民眾健康的一種劃時代技術。基因組序列分別存在 PulseNet &GenomeTrakr 的基因組參考數據庫中。
PulseNet : CDC 管理的實驗室網路,著重于患者的細菌。
GenomeTrakr : 由FDA 管理的食源性細菌資料庫;專注於食品和環境中的細菌。

KAPA HyperPlus 可獲得一致性的高覆蓋率
2017 年刊登於國際法醫遺傳學學會的官方期刊: 國際法醫遺傳學上的一篇名為 A performance
evaluation of Nextera XT and KAPA HyperPlus for rapid Illumina library preparation of long-range
mitogenome amplicons 的文獻,比較了 Nextera XT DNA 文庫製備試劑盒(Illumina)和 KAPA
HyperPlus 文庫製備試劑盒(Kapa Biosystems,現為 Roche)於粒線體基因組的定序效果。
Nextera XT 文庫在所有樣品中產生一致的低覆蓋率 (low-coverage) ,而 HyperPlus 文庫在粒線
體基因組中產生了一致的高覆蓋率 (high coverage),即使在減少反應體積的條件下也是如此。從
KAPA HyperPlus 文庫中觀察到的平衡覆蓋率,不僅可以使粒線體基因組的低表現率變異被找出,
而且還可以提高樣品 multiplex 數目,提高實驗效率

KAPA HyperPlus 可解決 GC content 差異大之細菌菌株無法定序的問題
不同細菌的基因組差異很大,可能為 GC- 或 AT-rich,挑戰文庫製備試劑的能力。有鑑於細菌基
因組的這種特性,UC Davis School of Veterinary Medicine & 100K ( 十萬) Pathogen Genome
Project,使用 KAPA 的 HyperPlus 作為文庫製備試劑,有效的解決了細菌基因組不好讀取的問題

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KAPA Library Quantification Kits

Real-time PCR 定量方式能夠準確定量 NGS library,使 cluster 的大小與密度達到最佳並發揮儀器最大效能。

■ 可靠、靈敏地定量所有可被測序的 library
■ 能準確、重複地定量不同濃度、不同片段長度分佈與不同GC 含量的 library
■ 對於多重測序,確保 library 準確、等摩爾數的混合
■ 可支援自動化平臺
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KAPA Adapter Kits

KAPA Dual-Index Adapter Kit

■ 經 functionally tested 確保優異的文庫構建效率及較少的 adapter-dimer 形成
■ barcode cross-contamination 通過 Sequencing-based QC 檢測
■ 可應用於 KAPA HyperPrep、KAPA HyperPlus 、 KAPA RNA HyperPrep 和HyperCap workflow

KAPA Unique Dual-Indexed Adapter Kit

■ Non-redundant dual sequencing barcode 組合(unique dual indexing) 可降低 index 錯誤配置
■ 經 functionally tested 確保優異的文庫構建效率及較少的 adapter-dimer 形成
■ 可應用於 KAPA HyperPrep、KAPA HyperPlus、KAPA RNA HyperPrep 和HyperCap workflow

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KAPA HyperPure Beads


KAPA HyperPure Beads 為 KAPA NGS DNA workflows 提供優異的核酸回收率,以及靈活可調整且一致的片段篩選大小。

■ 進化版磁珠,提高清洗效率,進而提升文庫多樣性降低定序成本
■ 快速、有效的去除實驗反應不需要的成分 ( 例如:adapters、 adapter-dimers、primers、primer-dimers、 nucleotides、salts 和 enzymes)
■ 可調節片段篩選大小
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