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https://www.antec-bio.com.tw/custom_96967.html 技術介紹技術介紹 Target enrichment 有效在建庫時捕捉感興趣的 targeted gene，減少 reads 數浪費，提高經濟效益。使用 KAPA HyperCap Workflow v3.2，可搭配 KAPA HyperExome Probes、KAPA HyperChoice 及 HyperExplore Probes 客製化符合實驗需求的探針提供一整套完整且高效率的建庫流程。Roche KAPA HyperCap workflow (Hybridization-Based Target Enrichment) 除原有的 human exome panel，現在新推出兩種 panel 分別可使用於"癌症基因檢測"及"遺傳疾病基因檢測"。Roche Hybridization-Based Target Enrichment 流程將 Genomic DNA 進行片段化 (fragmentation) 接上 adapter，利用 biotinylated oligonucleotide probes 和目標基因 (e.g. exome) 進行雜交作用 (hybridization)，再利用 streptavidin beads 結合 biotin 間接抓下目標基因，爾後進行 washing, elution. amplification步驟，最終進行上機定序，藉此流程針對感興趣基因序列進行分析。 KAPA HyperExome Probes 全外顯子體定序 (whole exome sequencing, WES)，相對 WGS 可提高深度及降低花費，已廣泛運用於癌症基因、遺傳性疾病、罕見疾病、預防醫學等相關的基因檢測。KAPA HyperExome Probes 利用 HG38 human genome 進行設計，capture target 僅有 ~43 Mb 仍在 RefSeq, CCDS, Ensembl, GENCODE 及 ClinVar 資料庫皆有良好涵蓋率，且不同資料庫分析結果相似度高。KAPA HyperCap Fixed Panels此系列包含了 KAPA HyperCap Oncology Panel 與 KAPA HyperCap Heredity PanelKAPA HyperCap Oncology Panel 癌症基因檢測■ 探針捕獲區域 214 Kb 覆蓋13 個 somatic oncology 高度相關基因■ 在commercial FFPET 和 cfDNA controls 中額外涵蓋 hotspot varients■ 10 ng cfDNA 定序50M HQ clusters，即有大於97.5% 的目標區域達到1000X 深度的定序覆蓋率KAPA HyperCap Heredity Panel 遺傳疾病基因檢測 ■ 涵蓋 3,332 個和遺傳疾病高度相關的基因■ 探針捕獲區域小於 10Mb■ 最大化經濟效益，定序 10M HQ clusters，即有大於 98% 的目標區域達到 30X 深度的定序覆蓋率■ ACMG 73、ClinVar、ENSEMBL 及 RefSeq 多個醫學資料庫皆有 85~99% 高覆蓋度Customized Panel：KAPA HyperChoice and HyperExplore Probes提供 hyperdesign (https://hyperdesign.com/) 網站，針對感興趣基因設計客製化 probe，捕捉及擴增目標序列 (Target Enrichment)。KAPA HyperChoice (human genome probe) 及 KAPA HyperExplore Probes (non-human genome probe) 皆可設計捕捉高達 200 Mb 的目標基因，高均勻度地抓取目標片段。KAPA HyperCap Workflow v3.2

技術介紹

Target enrichment 有效在建庫時捕捉感興趣的 targeted gene，減少 reads 數浪費，提高經濟效益。使用 KAPA HyperCap Workflow v3.2，可搭配 KAPA HyperExome Probes、KAPA HyperChoice 及 HyperExplore Probes 客製化符合實驗需求的探針提供一整套完整且高效率的建庫流程。

Roche KAPA HyperCap workflow (Hybridization-Based Target Enrichment) 除原有的 human exome panel，現在新推出兩種 panel 分別可使用於"癌症基因檢測"及"遺傳疾病基因檢測"。

Roche Hybridization-Based Target Enrichment 流程
將 Genomic DNA 進行片段化 (fragmentation) 接上 adapter，利用 biotinylated oligonucleotide probes 和目標基因 (e.g. exome) 進行雜交作用 (hybridization)，再利用 streptavidin beads 結合 biotin 間接抓下目標基因，爾後進行 washing, elution. amplification步驟，最終進行上機定序，藉此流程針對感興趣基因序列進行分析。

KAPA HyperExome Probes
全外顯子體定序 (whole exome sequencing, WES)，相對 WGS 可提高深度及降低花費，已廣泛運用於癌症基因、遺傳性疾病、罕見疾病、預防醫學等相關的基因檢測。
KAPA HyperExome Probes 利用 HG38 human genome 進行設計，capture target 僅有 ~43 Mb 仍在 RefSeq, CCDS, Ensembl, GENCODE 及 ClinVar 資料庫皆有良好涵蓋率，且不同資料庫分析結果相似度高。

KAPA HyperCap Fixed Panels
此系列包含了 KAPA HyperCap Oncology Panel 與 KAPA HyperCap Heredity Panel

KAPA HyperCap Oncology Panel 癌症基因檢測
■ 探針捕獲區域 214 Kb 覆蓋13 個 somatic oncology 高度相關基因
■ 在commercial FFPET 和 cfDNA controls 中額外涵蓋 hotspot varients
■ 10 ng cfDNA 定序50M HQ clusters，即有大於97.5% 的目標區域達到1000X 深度的定序覆蓋率

KAPA HyperCap Heredity Panel 遺傳疾病基因檢測
■ 涵蓋 3,332 個和遺傳疾病高度相關的基因
■ 探針捕獲區域小於 10Mb
■ 最大化經濟效益，定序 10M HQ clusters，即有大於 98% 的目標區域達到 30X 深度的定序覆蓋率
■ ACMG 73、ClinVar、ENSEMBL 及 RefSeq 多個醫學資料庫皆有 85~99% 高覆蓋度

Customized Panel：KAPA HyperChoice and HyperExplore Probes
提供 hyperdesign (https://hyperdesign.com/) 網站，針對感興趣基因設計客製化 probe，捕捉及擴增目標序列 (Target Enrichment)。
KAPA HyperChoice (human genome probe) 及 KAPA HyperExplore Probes (non-human genome probe) 皆可設計捕捉高達 200 Mb 的目標基因，高均勻度地抓取目標片段。

KAPA HyperCap Workflow v3.2