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Roche KAPA HiFi 在 Single-cell transcriptomics, CRISPR 的最新應用

Roche KAPA HiFi 在 Single-cell transcriptomics, CRISPR 的最新應用

Roche HiFi Kits 擁有領先業界品牌的最高正確性和穩定性能,已經被廣泛使用於各實驗中,從 Cloning 到 NGS 皆可發揮其低錯誤率、高靈敏度的效能。本文簡述 Roche HiFi Kit 特點,並介紹最新應用。

Roche HiFi kits 的特點
■ 高效能 - 擴增長度高達11kb、有效減少AT-、CG- rich 區域偏差

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■ 極低錯誤率 - Error rate (per nt) 2.8X10-7

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最新應用
應用 1:Single-cell transcriptomics 
實驗顯示使用 KAPA HiFi 可精準擴增cDNA,大幅降低 GC bias
■ 可偵測更多 high GC content 片段
■ 得到與 No preamplification 相似的結果

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Reference: 
Picelli, et al. Nature Protocols, 2014 vol 9: pages 171 – 181
Picelli, et al. Nature Methods 2013 vol. 10, no. 11: pages 1096 – 1098
Ramskold, et al. Nat Biotechnol. 2012 vol. 30, no. 8: 777 – 782

應用 2:CRISPR amplicon screening
KAPA HiFi 提供最佳序列正確性 (fidelity),可精確複製 Amplicons,有利篩選 CRISPR/Cas9 clones

應用3:CIRCLE-seq for CRISPR/Cas9 Off-target Screening
KAPA HiFi 可提升 CIRCLE-seq 的精準度,確保檢測到的突變點非擴增偏差。
■ 錯誤率較 Taq 低 50-100 倍
■ 具 3’→5’ exonuclease 之校正能力 (proofreading activity)

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Reference:
CIRCLE-seq: a highly sensitive in vitro screen for genome-wide CRISPR–Cas9 nuclease off-targets. Tsai et al. Nature Methods, 2017 vol 14: pages 607 – 614

Application Note
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ngle-cell transcriptomics 
5a7fb72f7277c95f890e2e81eda22cac.gif CRISPR/Cas9-based genome editing and validation screening 
5a7fb72f7277c95f890e2e81eda22cac.gif CIRCLE-seq for CRISPR/Cas9 Off-target Screening